興的女真勢力對明朝構成了威脅。

為了確保東北邊疆無(wú)虞，需要拉攏朝鮮，所以明朝在拖延了幾個(gè)月之后，于是年十月乃冊封李琿為朝鮮國王。

光海君從被立為世子到登基的14年間，明廷5次拒絕冊封光海君（當時(shí)明廷也出現了與立儲有關(guān)的爭執。明神宗偏愛(ài)第三子朱常洵，欲立為太子，以禮部為首的滿(mǎn)朝文武強烈反對。

最后，在1601年，明神宗辨不過(guò)內閣，只好立長(cháng)子朱常洛（即明光宗）為太子。因此，明朝禮部多次以非長(cháng)子為由拒封光海君，堅持立長(cháng)不立幼的立場(chǎng)），這在朝鮮歷史上史無(wú)前例，令光海君顏面盡失。

繼位后，大明禮部仍拒絕冊封光海君為朝鮮王。

在禮部的詢(xún)問(wèn)下，使臣李好閔聲稱(chēng)臨海君患有精神疾病，自愿讓位于光海君，禮部于是派遣了兩名使臣親自前往漢陽(yáng)拜訪(fǎng)臨海君求證。

朝鮮使用大量白銀賄賂了使臣，終使禮部同意冊封。1609年，敕使入漢陽(yáng)，正式冊封光海君為朝鮮王。

明廷的態(tài)度對光海君來(lái)說(shuō)無(wú)疑是奇恥大辱，除了讓光海君對大明心存芥蒂（致使日后不愿意出兵相助），更進(jìn)一步加讓光海君意識到只要臨海君在世一日，自己的王位便坐不安穩，因此，臨海君是非死不可。

李琿即位后，按照朝鮮仁祖后史書(shū)的說(shuō)法，是“昏亂日甚，幽廢母后，屠兄殺弟”。從事實(shí)來(lái)看，后兩條倒也確實(shí)。

光海君即位后，宣布仁穆王后為廢妃，囚禁在西宮（慶云宮）內，自己則搬到新修復的昌德宮（東闕）去住。

而對其王位威脅最大的兩個(gè)人——其同母兄、宣祖長(cháng)子臨海君，和年僅兩歲的弟弟，宣祖嫡子永昌大君，則分別于1609年和1614年被害。

李琿即位后不久，即有三司官員彈劾臨海君。雖然光海君表示不忍，但是就在同一天，光海君未經(jīng)推鞠審問(wèn)，便采納三司（即弘文館、司憲府、司諫院）的提議，以私藏軍器、陰養死士、在宣祖殯天當日密謀出兵篡位、私協(xié)武器入宮等四條逆反罪名將臨海君流放，關(guān)押圍籬。官員們沒(méi)有對此提出異議，雖然此事由北人打頭，但是南人和西人也不約而同地支持除去臨海君。

之后，不斷有上疏要求處死臨海君，光海君沒(méi)有首肯。1609年，臨海君被流放地守衛李廷彪殺死。表面雖傷心欲絕，光海君卻沒(méi)有下令追查，也沒(méi)有懲罰李廷彪，只讓其呈上一份報告書(shū)。光海君為了避免背負殺兄的道德污點(diǎn)，以甸人殺害（指示守衛或地方官員秘密將流放的罪人處死，指示人通常為在位者，以此避免公開(kāi)處死想要除去的人，保證自己公義正直的形象）的方式秘密處死了臨海君。

七庶獄事發(fā)生在1613年4月，故亦可稱(chēng)癸丑獄事，一群西人黨名門(mén)后裔（頭目包括：故相樸淳之庶子樸應犀；故牧使徐益之庶子徐羊甲；故監司沈銓之庶子沈友英；故副相樸忠侃之嫡子樸致毅；西人黨名儒金長(cháng)生之庶弟金慶孫；故判書(shū)金睟之嫡孫金斐）以搶劫和謀殺的罪名被捕，其中一人坦誠欲擁立永昌大君篡位，引發(fā)黨爭，牽連無(wú)數，連仁穆大妃也被牽扯其中。一名被供出的高官樸東亮招供：宣祖病重時(shí)，仁穆